Цистерна Базилика появилась рядом с храмом Айя-София во времена Византийской империи для хранения запасов воды. Там, где сегодня находится это сооружение, когда-то была базилика, окруженная зеленью, – отсюда и название. Второе название места – Еребатан Сарай – переводится как «подземный дворец», было дано из-за большого количества колонн, поддерживающих свод сооружения.

Во времена Византийской империи на случай, если город будет осажден, было необходимо такое водохранилище. Существовали и другие, но Цистерна Базилика – самое крупное. Сооружение стало музеем в 1987 г. и сегодня весьма популярно у туристов.